Metody detekce alterovaných oblastí DNA z dat CGH arrays

flag

Klin Onkol 2006; 19(Suppl2): 368-372.

Souhrn
CGH arrays se v dnešní době staly významnou technikou v analýze genomu. Využívají se pro detekci změn v počtu kopií genů nebo chromozomů, popřípadě jiných chromosomových přestaveb. Základní metodou je porovnávání DNA vzorku a zdravé kontroly pomocí komparativní genomové hybridizace (CGH). Analýza genetické nestability u nádoru a s ní spojené hledání nádorových markerů se dá využít jak v diagnostice nádorů (klasifikace nádorů do již existujících skupin, hledání nových podskupin), tak i v predikci jejich odpovědi na léčbu. Výhodou technologie CGH arrays je možnost analýzy celého genomu v jediném experimentu. To ovšem znamená, že metoda produkuje velké množství dat, které musí být správně matematicky vyhodnoceny a základním cílem článku je tak představení těchto matematických metod a jejich softwarové implementace.

Plný text v PDF