Hodnotenie klinického dosahu variantov identifikovaných v génoch BRCA1 a BRCA2 pomocou MPS

Jedným z najčastejšie diagnostikovaných malígnych ochorení u žien je karcinóm prsní­kov. V niektorých rodinách sa vyskytuje v nie­koľkých generáciách, a vtedy sa označuje ako dedičný syndróm nádoru prsníkov a/alebo ovárií. U približne 5 - 10 % pacientok hovoríme o ge­netickej predispozícii na toto ochorenie, ktorá je daná prítomnosťou mutácií v génoch BRCA1 a BRCA2. Na identifikáciu mutácií využívame v našom laboratóriu sekvenačné metódy, kon­krétne priame sekvenovanie a masívne paralelné sekvenovanie (MPS). Veľkou výhodou prístupu MPS je rýchlosť analýzy, avšak vďaka množstvu získaných výsledkov môže byť ich samotná inter­pretácia problematická. Na prípravu knižnice na sekvenovanie génov BRCA1 a BRCA2 využívame BRCA MASTR™ Dx kit (Multiplicom). Samotné sekvenovanie prebieha na platforme Illumina, systém MiSeq. Na analýzu získaných výsledkov využívame Illumina BaseSpace a IGV softvér, pri­čom klinický dosah variantov je posudzovaný po­mocou softvéru Variant Studio (Illumina). Okrem nich máme k dispozícii aj softvéry NextGENe® (Softgenetics) a Sophia DDM (Sophia Genetics). V niektorých prípadoch sme však zaznamenali určité nezrovnalosti medzi jednotlivými softvér­mi, a to hlavne v určovaní klinického dosahu nájdených variantov. Preto si klinický dosah výsledkov získaných pomocou spomínaných softvérov overujeme i vo verejne dostupných databázach (napríklad http://www.ncbi.nlm.nih. gov, Ensembl, UMD, LOVD). Príkladom takejto ne­zrovnalosti je synonymná mutácia c.693G > A (p. T231T) v géne BRCA1. Táto substitúcia ovplyvňuje zostrih a dáva tak vzniknúť transkriptu s deletovaným exónom 11. Na základe tejto informácie bola táto mutácia vo februári 2013 označená ako patologická, na čo jednoznačne odkázal aj softvér Variant Studio s nadväznosťou na verejne dostupné databázy. Softvér Sophia DDM, ktorý využíva hlavne predikčné algoritmy, označil danú mutáciu ako variant nejasného významu. V apríli 2015 boli vo verejne dostupných databázach aktualizované informácie o mutácii c.693G > A, pričom došlo k jej preklasifikovaniu na variant ne­známeho významu. Tento príklad teda ukazuje, že na analýzu a interpretáciu výsledkov získaných pomocou prístupu MPS je vhodnejšie využitie viacerých softvérov umožňujúcich presnejšiu klinickú interpretáciu. Zároveň dokazuje, že je nevyhnutné pravidelne sledovať aktualizácie informácií obsiahnutých vo verejne prístupných databázach. Tento komplexný prístup potom umožní kvalitnú diagnostiku pacientok s dedič­ným syndrómom nádoru prsníkov a/alebo ovárií.