Metódy detekcie mikrosatelitnej instability a inaktivácie tumorsupresorových génov hypermetyláciou CpG ostrovov v DNA sekvencii

Mikrosatelitná instabilita je zmena dĺžky mikrosatelitov spôsobená inzerciou alebo deléciou repetitívnych sekvencií v nádorovom tkanive, ktoré porovnávame s dĺžkou sekvencií mikrosatelitov v zdravom tkanive toho istého jedinca.

Detekcia mikrosatelitnej instability je založená na PCR analýze a následnej fragmentovej analýze. Cieľom je zachytenie zmien v sledovaných markeroch, ktoré indikujú nestabilitu genómu. Pre detek­ciu mikrosatelitnej instability sa používa niekoľko markerových panelov. Po PCR reakcii realizovanej použitím komerčných kitov je produkt analyzovaný fragmentovou analýzou, založenou na kapilárnej elektroforéze a detekcii fluorescenčne značených fragmentov laserom. Výsledkom fragmentácie je digitalizácia signálu a následné vyhodnotenie frag­mentácie pomocou softwaru GenMapper.

Pre stratifikáciu pacientov s kolorektálnym karcinómom a vysokým stupňom mikrosatelitnej instability je zároveň potrebné sledovať metyláciu v promótorovej oblasti mismatch repair génov, najmä v géne MLH1. Prípadnú inaktiváciu tohto génu je možné detegovať metylačne špecifickou PCR a následným vyhodnotením výsledkov v agarózovej elektroforéze.

Aplikáciou uvedených metód molekulovej biológie pre klinickú diagnostiku je možné pris­pieť k stratifikácii pacientov s Lynchovým syn­drómom a sporadickým karcinómom.

Táto štúdia bola podporená grantovým projek­tom MZSR 2012/24-UKMA-1 „Detekcia prediktívne relevantných parametrov v diagnostickom algo­ritme bioptického vyšetrenia karcinómu hrubého čreva a pľúc" a projektom financovaným zo štruk­turálnych fondov EÚ„Martinské centrum pre biomedicínu (BioMed Martin)", ITMS kód 262202201787.