NGS diagnostika somatických mutací

Do diagnostiky somatických mutací se kromě zavedených technologií, jako je hybridizace nebo RT-PCR, začínají prosazovat nové technologie. Kromě digitální PCR je to pak zejména NGS, která umožňuje hluboké sekvenování vybraných úseků genů či ce­lých genů. Dostupná NGS řešení umožňují provádět rutinní diagnostiku a v případě využití rozšířených panelů i studie zaměřené na nové potenciální cíle.

Illumina řešení nabízí panel Trusight Tumor, který cílí na vybrané mutace u 26 genů. Panel je založen na sekvenování amplikonů přičemž primery jdou navrženy tak, že sekvenujeme každé vlákno specifickou sadou primerů.

Multiplicom nabízí panely pro diagnostiku somatických mutací jak z biopsií, tak i z parafi­nových řezů. Panel SOMATIC1 zahrnuje geny KRAS, NRAS a BRAF. Jedná se o triplex, ale panel lze rozdělit a pak diagnostikovat zvlášť plex 1 (KRAS, NRAS a E15 BRAF) a plexy 2 a 3 (BRAF). Pro nemalobuněčné karcinomy plic je pak určen kit EGFR (exony 18 21). Panel GIST pro diagnostiku gastrointestinálního tumoru pak cílí na geny cKit a PDGFR-α. Celé řešení je založeno na dvou PCR reakcích. Výhodou je možnost panely kombino­vat a sekvenovat vše v jednom běhu.

U diagnostiky somatických mutací je důležitá citlivost metody. U technologie NGS dosahujeme požadované citlivosti pomocí vysokého počtu čtení. Kapacita sekvenátoru MiSeq nám v kom­binaci s volbou vhodného sekvenačního čipu umožní dosáhnout ekonomicky rozumné ceny v závislosti na počtu vzorků a počtu a velikosti sekvenovaných genů.