Vyšetřování hypermetylací v solidních nádorech plic a kolorekta naše první zkušenosti, výsledky a častá úskalí.

Výzkumy v oblasti nádorových onemocnění se v posledních letech stále více zaměřují na podrobnou charakteristiku jednotlivých typů tumorů na molekulární úrovni, která by umožnila časnou diagnostiku a odhad chování a odpovědi nádoru na konkrétní léčbu. Jedním z nadějných směrů se ukazuje být vyšetření molekulárních markerů. Vyšetření zaměřené na vybrané geny zahrnuje vedle analýzy somatických DNA mutací, jednonukleotidových polymorfismů a exprese RNA také detekce metylace. Bylo zjištěno, že právě epigenetická inaktivace tumor-supresorových genů, způsobená hypermetylací jejich promotorových oblastí, hraje klíčovou roli v patogenezi nádorových onemocnění. Při tomto ději dochází k metylaci cytosinu na CpG dinukleotidech, které se hojně nacházejí v místech tzv. CpG ostrůvků v regulačních oblastech genů (promotorech). Takto upravený gen se stává transkripčně inaktivní. Aberantní metylace tak umožňuje sledovat vznik a průběh nádorového onemocnění.

V naší práci jsme se zaměřili na vyšetření metylace u dvou typů nádorových onemocnění, jejichž incidence i mortalita patří k nejvyšším - karcinomu plic a karcinomu kolorekta. Nejprve jsme provedli optimalizaci izolace DNA z různých typů vzorků (resekáty, bioptické vzorky, archivované vzorky apod.). Dalším krokem byla optimalizace amplifikační reakce včetně purifikace PCR produktů po bisulfitové reakci. Nakonec jsme provedli detekci metylace ve vybraných genech pomocí tří různých metod - sekvenování, metylačně specifická PCR a metylačně specifický RFLP (restriction fragment lenght polymorphism). Optimální postupy pak byly použity při vyšetření hypermetylace u pacientů v pokročilém stadiu onemocnění s cílem doplnit molekulárně-biologickou charakterizaci nádorů a na základě toho případně zvolit další léčbu nebo monitorovat residuální chorobu v krvi.
Podporováno grantem MZČR NR/9087-3