ANALÝZA EXPRESNÍCH PROFILŮ DLOUHÝCH NEKÓDUJÍCÍCH RNA U PACIENTŮ S KOLOREKTÁLNÍM KARCINOMEM

Konference: 2013 XXXVII. Brněnské onkologické dny a XXVII. Konference pro nelékařské zdravotnické pracovníky

Kategorie: Nádorová biologie/imunologie/genetika a buněčná terapie

Téma: XXVII. Základní a aplikovaný výzkum v onkologii

Číslo abstraktu: 268

Autoři: Bc. Petra Faltejsková; Mgr. Lenka Radová, Ph.D.; Doc. MUDr. Marek Svoboda, Ph.D.; prof. MUDr. Rostislav Vyzula, CSc.; RNDr. Ondřej Slabý, Ph.D.

 Východiska:

Dlouhé nekódující RNA (lncRNA) jsou transkripty dlouhé 200 nt až 100 kb, které obsahují pouze krátké otevřené čtecí rámce, nebo je zcela postrádají, což znemožňuje jejich překlad do proteinu. Nejnovější studie prokázaly, že lncRNA bývají často komplementární ke kódujícím RNA řetězcům a jejich promotory jsou regulovány nejen transkripčními faktory, ale i epigeneticky pomocí specifických modifikací histonů. Tyto molekuly jsou rovněž vývojově a tkáňově specifické a podílejí se na regulaci řady biologických procesů, jakými jsou alternativní sestřih, změny proteinové lokalizace či modu­lace proteinové aktivity. Avšak hlavní funkce těchto molekul spočívá v regulaci genové exprese, a to jak na transkripční, tak posttranskripční úrovni. Je tedy zřejmé, že jejich deregulace vede k mnoha onemocněním, včetně těch nádorových.

Soubor pacientů a metody:

V první fázi studie byly analyzo­vány expresní profily 90 lncRNA (LncRNA Profiler qPCR Arrays, System Biosciences) v nádorové tkáni 20 důkladně klinicky charakterizovaných pacientů s ko­lorektálním karcinomem (CRC) a současně v 20 paralelních sliznicích. S použitím moderních biostatistických metod byly identifikovány lncRNA rozdílně exprimované v nádorové tkáni a zdravé střevní sliznici. Vybrané signifikantní lncRNA byly validovány ve druhé fázi studie na nezávislém souboru 125 pa­cientů s CRC, a to pomocí qRT-PCR. Následně byla analyzována korelace mezi expresí těchto lncRNA a klinicko-patologickými znaky pacientů.

Výsledky:

S použitím moderních biostatistických metod bylo identifikováno 21 lncRNA s rozdílnou expresí mezi nádorovou tkání a zdravou střevní sliznicí (p < 0,05). Na základě těchto výsledků bylo vybráno 5 lncRNA (ANRIL, snaR, Zfas1, SNHG6 a HULC) pro další validaci na širším souboru pacientů. Výsledky validační fáze budou součástí našeho sdělení.

Závěr:

Přestože přesné mechanizmy zapojení lncRNA do procesu kancerogeneze nejsou dosud uspokojivě objas­něny, předpokládáme, že lncRNA představují slibné diagnostické, prognostické a prediktivní biomarkery, které by mohly přispět k přesnější klasifikaci one­mocnění, individualizaci léčby a následně i dosažení lepších léčebných výsledků a zvýšení kvality života pacientů se zhoubnými nádory tlustého střeva a konečníku.

Práce byla podpořena grantovým projektem IGA MZČR NT13860-4/2012

Datum přednesení příspěvku: 19. 4. 2013