ANALÝZA GENOMU KARCINOMU DĚLOŽNÍHO HRDLA POMOCÍ NOVÉ PLATFORMY 4 x 180 K SNP+ CGH MIKROČIPŮ

Východiska:

Chromozomové abnormality jsou častými genetickými změnami u nádorů ve smyslu ztrát či zmnožení genetického materiálu. Předpokládá se, že rekurentní změny v počtu kopií DNA sekvencí, tj. amplifikace či delece specifických genů by mohly být iniciačním faktorem v procesu maligní transformace buněk a progrese nádorů.

Materiál a metody:

V naší probíhající studii se snažíme analyzovat celogenomový profil genetických abnormalit z odebraných tkání karcinomů děložního hrdla pomocí komparativní genomové hybridizace na oligonukletidových DNA mikročipech s využitím nově zavedené platformy 4 x 180 K SNP + CGH Agilent (oligo array-based comparative genome hybridization). Kromě zmapování celého genomu nádoru je mimo jiné i naší snahou dete­kovat rozdíly mezi pacientkami s metastatickým postižením lymfatických uzlin a pacientkami bez metastatického postižení.

Výsledky:

V našem souboru 17 žen s prokázaným spinocelulárním karcinomem děložního hrdla byly dosud nalezeny regionální změny počtu kopií DNA sekvencí ve smyslu zmnožení v oblasti 3q22q-ter (6/13 žen), 20q11q13.3 (5/13 žen), 8q21.3qter (4/13 žen) a ztrát v oblasti 13q11q21.2 (4/13 žen), 3q (3/13 žen), 4q (3/13 žen). Pacientky s metastatickým posti­žením lymfatickým uzlin (5 žen) měly často duplikaci v 2p a 5p regionech chromozomu a deleci v oblasti 3p ve srovnání s pacientkami bez metastatického posti­žení lymfatických uzlin (8 žen).

Závěr:

Komparativní genomová hybridizace na DNA mikročipech představuje perspektivní metodu celogenomového screeningu s identifikací potenciálních markerů DNA, které by umožnily vyselektovat skupinu vysoce rizikových pacientek s karcinomem děložního hrdla. Nicméně, spolehlivé určení změn v počtu kopií jednotlivých genů pomocí array-CGH vyžaduje reprezentativní vzorky s minimálně 30 procentním zastoupením nádorového genomu.

Práce byla podpořena grantovým projektem IGA NT 11089-4/2010 Ministerstva zdravotnictví České republiky.