„CELL ARRAYS“ – Velkoobjemový screening proteinů v buněčných liniích karcinomu prsu.

Sdružené buněčné bločky (SBB) – „cell arrays“ – představují další pokrok v imunocytochemických/proteomických metodách a jsou ideálním nástrojem pro rozsáhlé studie na buněčných liniích. Tento přístup se v dnešní době využívá při skríninku účinků nových léčiv a testování protilátek a jejich ředění, kdy je nezbytným krokem otestování reakcí u buněčných kultur. Na velmi malém prostoru s minimální spotřebou vybraných protilátek je možné analyzovat 23 vzorků buněčných linií. Metoda je velmi flexibilní, navržení SBB závisí na požadovaných vlastnostech výsledné „array“ – vzorky lze řadit dle buněčného původu, exprese proteinů, použitého ošetření terapeutiky a potřeb projektů.
Očekáváme zisk velkého množství validních dat v porovnání s ostatními přístupy v hodnocení proteinových hladin (Western blotting, metoda ELISA), jenž jsou materiálně a časově náročné. Výhodami SBB jsou malá spotřeba materiálu, velký objem výsledků hodnocených počítačovou analýzou s definovanými hladinami intenzity barvení a možnost porovnávat vysoký počet vzorků v jedné analýze. Zásadním přínosem je rovněž reprodukovatelnost dosažených výsledků. Nevýhodami jsou pěstování velkého množství buněk jako vstupního materiálu a problémy s falešně pozitivními výsledky při imunocytochemickém barvení.
Základním materiálem pro tvorbu SBB jsou fixované buňky zalité v agaróze, které se převedou do parafinového bloku. Z bloku se následně vypíchnou válečky o průměru 1 mm, které se umístí do vymezené pozice v „arrayi“. Jeden blok lze průměrně rozpíchat na 15 válečků. Hotová „array“ je nařezána na mikrotomu a přitavena na skla, z jednoho SBB je možné připravit přibližně 20 skel pro imunocytochemické barvení.
V naší práci jsme se zaměřili nejprve na optimalizaci výroby bloků a imunocytochemického barvení a následně na analýzu proteinů typických pro linie odvozené z karcinomu prsu. Barvení provádíme s protilátkami proti proteinu p53 (DO-1), MDM2, steroidním receptorům a různým typům keratinů. Počítačová analýza pozitivní reakce jednotlivých protilátek se provádí hodnotícím programem COLOR GRAPHICS ANALYSIS.

Tato práce je podporována granty IGA MZ ČR NR / 8338-3/2005 a Centrum MŠMT LC06035.