Hierarchické shlukování proteomických profilů u karcinomu prsu.

Úvod
Mapování genové exprese v nádorech pomocí DNA mikročipů přineslo významný přelom v našich znalostech o molekulární biologii a taxonomii karcinomu mléčné žlázy. Byly identifikovány genové expresní profily spojené s přítomností hormonálních receptorů, uzlinových metastáz a vysokým rizikem disseminace onemocnění. Existuje snaha využít DNAmikročipy rovněž k predikci odpovědi onemocnění na specifickou hormonoterapii a chemoterapii. Expresní profily cDNA však neposkytují informaci o posttranslačních změnách na úrovni bílkovin a nemohou zachytit celou biologickou složitost procesů, ke kterým v nádorech dochází. Metodickým přístupem, který může rozšířit naše možnosti v tomto směru, je vysokokapacitní proteomické profilování. Dosud nejrozvinutější takovou metodou je paralelní imunohistochemická analýza mnoha markerů na složených tkáňových blocích („tissue microarrays“). Její výsledky potvrdily informace získané shlukováním profilů cDNA exprese, tj. zejména klasifikaci mammárního karcinomu do několika subtypů (luminální A+B, bazální, Her-2). Hierarchické shlukování takto získaných proteinových profilů může mít rovněž prognostický význam. Neodstranitelnou nevýhodou imunohistologického přístupu je však omezení detekce jen na známé proteiny, proti kterým jsou k dispozici protilátky. Pokud chceme zachytit také bílkoviny, o kterých se dosud v této souvislosti neuvažuje, musíme zvolit jinou metodu. Tou může být například SELDI-TOF MS (Surface Enhanced Laser Desorption/Ionisation Time of Flight Mass Spectrometry). Tato technologie je založena na hmotnostní spektrometrii proteinů navázaných na selektivní povrchy chromatografických čipů a umožňuje simultánní pořízení hmotnostních profilů desítek až stovek vzorků. Profily pak mohou být dale analyzovány bioinformatickými metodami. V naší práci jsme se pokusili o takové zpracování tkáňových vzorků karcinomu prsu.

Plný text v pdf