Identifikace molekulárních cílů chinolonových derivátů pomocí afinitní purifikace spojené s LC-MSMS.

Syntéza chinolonových derivátů a analýza jejich cytotoxických účinků se v poslední době stala předmětem studia některých chemických skupin ve vývoji nových protinádorových léčiv. Ve spolupráci s Katedrou organické chemie na Přírodovědecké fakultě UP testujeme chemické knihovny těchto látek v buněčných cytotoxických testech, přičemž byla identifikována řada zajímavých derivátů s cytotoxickými účinky. Nejúčinnější z derivátů vykazovaly hodnoty IC50 pod 1 uM.

Pro další optimalizace účinku skupiny léčiv je výhodné znát jejich cíl. Za účelem jeho identifikace byly připraveny biotinylované varianty mateřských sloučenin. Takto modifikovanou molekulu jsme imobilizovali na magnetické kuličky potažené streptavidinem a vzniklý komplex jsme inkubovali s proteinovými lyzáty leukemické buněčné linie CEM. Po odmytí nenavázaných proteinů zůstaly na komplexu jen specificky navázané proteiny. Tyto proteiny jsme rozdělili na 1D SDS gelu a porovnávali s negativní kontrolou. Specifické proteiny byly vyřezány z gelu, trypsinizovány a peptidy byly identifikovány po separaci pomocí gradientní kapalinové chromatografie na vysokokapacitní iontové pasti LC-ESI a MALDI TOF-TOF. K vyhodnocení spekter jsme použili program ProteinScape ve spojení s algoritmem Mascot a databází NCBI. Předběžné výsledky identifikací ukazují, že cílem chinolonových derivátů jsou proteiny zapojené do regulace translace.

Práce byla podpořena z grantů LC07017, finančního mechanismu EEA/Norska (A/CZ0046/1/0022) a MSM6198959216.