MIRNA PROFILOVÁNÍ V PREDIKCI PROGRESE BARRETTOVA JÍCNU V KARCINOM

Konference: 2014 XXXVIII. brněnské onkologické dny a XXVIII. konference pro nelékařské zdravotnické pracovníky

Kategorie: Nádorová biologie/imunologie/genetika a buněčná terapie

Téma: XXVIII. Základní a aplikovaný výzkum v onkologii

Číslo abstraktu: 126

Autoři: MUDr. Josef Srovnal, Ph.D.; RNDr. Ondřej Slabý, Ph.D.; Prof. MUDr. Jiří Ehrmann jr., Ph.D.; MUDr. Jan Gregar; Mgr. Kateřina Štaffová; Mgr. Lenka Radová, Ph.D.; doc. MUDr. Marián Hajdúch, Ph.D.

Východiska:

Barrettův jícen (BE) je metaplastické onemocnění jícnu s rizikem rozvoje do adenokarcinomu jícnu (EAC). Současné screeningové metody a možnosti (endoskopie a biopsie) jsou pro pacienty s BE nepříjemné, rizikové a také drahé. Další komplikací v diagnostice nádorové progrese je subjektivní histopatologické vyšetření. Avšak přibližně jen u 2% pacientů s BE ročně dojde k progresi do EAC. Cílem naší studie bylo identifikovat miRNA profily, které by dokázaly predikovat rozvoj EAC u pacientů s BE.

Materiál a metody:

FFPE vzorky byly získány od 68 pacientů (10 EAC, 4 high-grade a 21 low-grade dysplazie jícnu a 33 BE), z čehož bylo 49 mužů a 19 žen, průměrný věk byl 58 let, rozpětí 27–97 let. Celková RNA byla izolována z FFPE vzorků pomocí RNeasy kitu (Qiagen) po předchozí lyzaci proteinázou K. MiRNA profily byly získány za použití DNA čipů GeneChip miRNA 3.0 Array (Aff ymetrix). Data byla analyzována pomocí softwaru „R“ a balíčku Bioconductor.

Výsledky:

Celkem bylo provedeno 68 microarrays GeneChip miRNA, 8 nekvalitních arrays bylo z datových analýz vyřazeno. Byly analyzovány expresní profily 1 733 lidských miRNA, 1 658 lidských pre-miRNA a 2 216 lidských sno-RNA a sca-RNA. Bylo identifikováno 29 rozdílně exprimovaných miRNA , 7 pre-miRNA a 9 sno-RNA (p < 0,001 nebo logFC  ≤2 nebo logFC > 2) u pacientů s EAC ve srovnání s pacienty s BE. Jedním z dominantních nálezů byla snížená exprese miR-22 ve vzorcích EAC, o které je známo, že působí jako nádorový supresor a regulátor histondeacetylázy 4.

Závěr:

Identifikovali jsme profily miRNA umožňující lepší diagnostiku progrese nádorového onemocnění u pacientů s BE. Získaná data však bude potřeba podrobit další validaci.

Práce na tomto projektu je podporována granty IGA MZ CR NT13585-3/ 202, IGA UP LF 2013_015, CZ.1.05/ 2.1.00/ 01.0030 a CZ.1.07/ 2.3.00/ 30.0004.

Datum přednesení příspěvku: 24. 4. 2014